Повышенный интерес к микроэкосистеме влагалища в значительной степени объясняется тем, что роль эволюционно сформировавшихся микробных популяций этого биотопа заключается не только в поддержании вагинальной колонизационной резистентности, но и в формировании микроэкологического здоровья новорожденных, а следовательно, человеческой популяции в целом.

Формирование качественного и количественного состава микрофлоры регулируется сложным механизмом межмикробных взаимодействий внутри каждой микроэкосистемы, а также контролируется физиологическими факторами организма хозяина в динамике его жизни.