Полное метагеномное секвенирование – это новое направление геномики и биоинформатики, основанное на построении случайной нуклеотидной последовательности из общей ДНК образца с последующим глубоким секвенированием. Одним из преимуществ данного метода по сравнению с культуральным исследованием и секвенированием 16S рРНК является возможность получения более полной характеристики о биоразнообразии исследуемого образца с идентификацией некультивируемых микроорганизмов из царств бактерий, архей, вирусов, грибов и простейших. Несмотря на высокую затратность и сложность технического выполнения, полное метагеномное секвенирование все чаще используется в клинических исследованиях для изучения изменений в микробиомах матки и влагалища при воспалительных заболеваниях органов женской репродуктивной системы. Перспективным является использование полного метагеномного секвенирования в рамках комплексной диагностики хронического эндометрита. По сравнению с традиционными методами диагностики (гистологическое, гистероскопическое, иммуногистохимическое и микробиологическое исследование), данный метод позволяет не только выявлять потенциальных возбудителей заболевания на уровне вида, но и определять гены лекарственной устойчивости у микроорганизмов, что особенно важно на фоне повсеместного усиления антибиотикорезистентности. Кроме того, некоторые авторы указывают на связь возбудителей бактериального вагиноза с развитием хронического эндометрита, что также необходимо учитывать при назначении антибактериальных препаратов. В связи с этим актуальным является изучение биоразнообразия микробиомов матки и влагалища с помощью полного метагеномного секвенирования. Это позволит не только избежать таких серьезных осложнений, как преждевременные роды, привычное невынашивание беременности, неудачи имплантации эмбриона после циклов ЭКО, бесплодие, но и выработать рациональную тактику этиотропной терапии хронического эндометрита.