Полногеномное секвенирование как инструмент персонализированного подбора антибактериальных средств в терапии пациентов с микробной экземой

Введение. В настоящем исследовании выполнен сравнительный анализ микробиома кишечника и пораженных участков кожи у пациентов с микробной экземой (МЭ). Кроме того, дана оценка эффективности персонализированного подхода к выбору системных и наружных антибиотиков с учетом данных антибиотикорезистентности, полученных на основе полногеномного секвенирования (WGS).
Цель. Оценить эффективность комплексного лечения больных микробной экземой, включающего персонализированный подбор системных и наружных антибактериальных препаратов с учетом данных полногеномного секвенирования микробиома кожи и кишечника.
Материалы и методы. В исследовании участвовали 60 пациентов с микробной экземой в стадии обострения, которых разделили на две равные группы (основную и сравнения) по 30 человек. Все больные получали терапию в соответствии с федеральными клиническими рекомендациями, при этом пациентам основной группы системный и наружный антибактериальные препараты подбирали персонализированно с учетом данных антибиотикорезистентности, полученных методом WGS. Для оценки динамики кожных проявлений использовали индекс EASI, а также регистрировали частоту обострений после основного курса терапии.
Результаты. Через 6 мес. наблюдения у пациентов основной группы снизилась микробная колонизация в кишечнике (доля P. aeruginosa уменьшилась в 9,6 раза, E. coli – в 14,3 раза, C. difficile – в 43,5 раза, K. pneumoniae – в 11,2 раза) и на коже (доля S. aureus уменьшилась в 3,9 раза, P. aeruginosa – в 11,5 раза, E. coli – в 13,6 раза, C. difficile – в 39,8 раза, K. pneumoniae – в 5,1 раза). Индекс EASI в основной группе составил 0,44 (0,23–0,69) балла, тогда как в группе сравнения – 1,00 (0,77–3,31), при этом в основной группе пациентов рецидив произошел у 2 больных (6,67%), а в группе сравнения – у 5 (16,67%).
Выводы. Полногеномное секвенирование позволяет с высокой точностью определить таксономический состав микробиомов. У пациентов, получавших персонализированную антимикробную терапию, восстановление микробиоценоза кожи и кишечника происходило быстрее по сравнению с группой сравнения.

1. Тлиш ММ, Попандопуло ЕК. Этиопатогенетические аспекты развития микробной экземы. Саратовский научно-медицинский журнал. 2018;14(4):651–656. Режим доступа: https://ssmj.ru/2018/4/651.

2. Тлиш ММ, Шавилова МЕ, Псавок ФА. Микробная экзема: современные возможности последовательной наружной терапии. Медицинский совет. 2023;(23):322–327. https://doi.org/10.21518/ms2023-476.

3. Роживанова ТА, Полеско ИВ, Щербакова МЮ. Современные представления о микробиоценозе кожи и кишечника у больных экземой и метаболическим синдромом. Клиническая дерматология и венерология. 2015;14(2):11–16. https://doi.org/10.17116/klinderma201514211-16.

4. Олисова ОЮ, Свитич ОА, Поддубиков АВ, Вартанова НО, Потапова МБ. Микробиологическая оценка эффективности стандартной терапии при атопическом дерматите. Вестник дерматологии и венерологии. 2023;99(3):42–52. https://doi.org/10.25208/vdv1364.

5. Salem I, Ramser A, Isham N, Ghannoum MA. The Gut Microbiome as a Major Regulator of the Gut-Skin Axis. Front Microbiol. 2018;9:1459. https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.01459.

6. Santoro A, Ostan R, Candela M, Biagi E, Brigidi P, Capri M, Franceschi C. Gut microbiota changes in the extreme decades of human life: a focus on centenarians. Cell Mol Life Sci. 2018;75(1):129–148. https://doi.org/10.1007/s00018-017-2674-y.

7. Муравьева АС, Лыков ИН. Медико-экологические аспекты антибиотикорезистентности микробиома кожи у членов семьи. Проблемы региональной экологии. 2023;(3):27–31. https://doi.org/10.24412/1728-323X-2023-3-27-32.

8. Белоусова ТА, Каиль-Горячкина МВ. Современный взгляд на проблему антибиотикорезистентности и ее преодоление в терапии инфекционно-воспалительных заболеваний кожи. Consilium Medicum. Дерматология (Прил.). 2017;(2):19–23. Режим доступа: https://omnidoctor.ru/upload/iblock/1d4/1d475032ц9d3576dc5bc0f4aa9da646af.pdf.

9. Sommer M, Munck C, Toft-Kehler R, Andersson D. Prediction of antibiotic resistance: time for a new preclinical paradigm? Nat Rev Microbiol. 2017;15:689–696. https://doi.org/10.1038/nrmicro.2017.75.

10. Лазарев ВВ, Тлиш ММ, Шавилова МЕ. Возможности персонализированного подбора топических антибактериальных средств у больных микробной экземой на основе данных полногеномного секвенирования: проспективное сравнительное рандомизированное исследование. Кубанский научный медицинский вестник. 2025;32(4):18–32. https://doi.org/10.25207/1608-6228-2025-32-4-18-32.

11. Лазарев ВВ, Тлиш ММ, Шавилова МЕ. Оптимизация лечения больных микробной экземой на основе данных полногеномного секвенирования: от эмпирического подхода к персонализированной системной антибактериальной терапии. Российский журнал кожных и венерических болезней. 2025;28(6):682–695. https://doi.org/10.17816/dv691519.

12. Лазарев ВВ, Тлиш ММ, Шавилова МЕ. Микробиом кожи и кишечника у пациентов с хронической микробной экземой: оценка с помощью метагеномного секвенирования и его динамика в процессе терапии. Лечебное дело. 2024;(2):75–83. https://doi.org/10.24412/2071-5315-2024-13114.

13. Spiegelman D, Whissell G, Greer CW. A survey of the methods for the characterization of microbial consortia and communities. Can J Microbiol. 2005;51:355–386. https://doi.org/10.1139/w05-003.

14. Bin L, Malley C, Taylor P, Preethi Boorgula M, Chavan S, Daya M et al. Whole genome sequencing identifies novel genetic mutations in patients with eczema herpeticum. Allergy. 2021;76(8):2510–2523. https://doi.org/10.1111/all.14762.

15. De Pessemier B, Grine L, Debaere M, Maes A, Paetzold B, Callewaert C. Gut-Skin Axis: Current Knowledge of the Interrelationship between Microbial Dysbiosis and Skin Conditions. Microorganisms. 2021;9(2):353. https://doi.org/10.3390/microorganisms9020353.

16. Силина ЛВ, Шварц НЕ. Микробиом кожи при микробной экземе. Клиническая дерматология и венерология. 2019;18(1):49–55. https://doi.org/10.17116/klinderma20191801149.

17. Murzina E, Kaliuzhna L, Bardova K, Yurchyk Y, Barynova M. Human Skin Microbiota in Various Phases of Atopic Dermatitis. Acta Dermatovenerol Croat. 2019;27:245–249. Available at: https://hrcak.srce.hr/file/419922.

18. Lax SJ, Van Vogt E, Candy B, Steele L, Reynolds C, Stuart B et al. Topical Anti-Inflammatory Treatments for Eczema: A Cochrane Systematic Review and Network Meta-Analysis. Clin Exp Allergy. 2024;54(12):960–972. https://doi.org/10.1111/cea.14556.

19. Chu DK, Chu AWL, Rayner DG, Guyatt GH, Yepes-Nuñez JJ, Gomez-Escobar L et al. Topical treatments for atopic dermatitis (eczema): Systematic review and network meta-analysis of randomized trials. J Allergy Clin Immunol. 2023;152(6):1493–1519. https://doi.org/10.1016/jjaci.2023.08.030.

20. Степаненко ИС, Косов ВА, Михайлова ЛВ, Тимофеева АС. Анализ резистентности Staphylococcus aureus в антибиотическую эпоху (литературный обзор). Астраханский медицинский журнал. 2025;20(2):27–50. https://doi.org/10.17021/1992-6499-2025-2-27-50.

21. Мартынова АВ, Ускова СС. Устойчивость бактерий рода Enterococcus к антибиотикам и дезинфицирующим веществам (обзор литературы). Тихоокеанский медицинский журнал. 2025;(1):22–26. https://doi.org/10.34215/1609-1175-2025-1-22-26.

22. Сухина МА, Макешова АБ, Шелыгин ЮА, Кашников ВН. Механизмы антибактериальной резистентности Clostridium (clostridioides) difficile. Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология. 2018;(12):70–79. https://doi.org/10.31146/1682-8658-ecg-160-12-70-79.

23. Кузнецов КО, Тукбаева ЛР, Казакова ВВ, Мирзоева КР, Богомолова ЕА, Салахутдинова АИ и др. Влияние COVID-19 на антибиотикорезистентность в педиатрической популяции. Педиатрическая фармакология. 2022;19(6):503–513. https://doi.org/10.15690/pf.v19i6.2465.

24. Fölster-Holst R. The role of the skin microbiome in atopic dermatitis – correlations and consequences. J Dtsch Dermatol Ges. 2022;20(5):571–577. https://doi.org/10.1111/ddg.14709.

25. Xie J, Li M, Yang S, Dong Q. Topical administration of mupirocin ointment and fusidic acid in bacterial infection-induced skin diseases. Postepy Dermatol Alergol. 2025;42(1):42–46. https://doi.org/10.5114/ada.2024.145185.

26. Тараско АД. Хроническая глубокая рецидивирующая пиодермия в амбулаторной практике хирурга. Амбулаторная хирургия. 2021;18(2):144–150. https://doi.org/10.21518/1995-1477-2021-18-2-144-150.

27. Малюкова КА, Гуляева ИЛ, Сивакова ЛВ. Патофизиологические механизмы формирования или обострения кожных заболеваний при стрессе. European Journal of Natural History. 2021;(3):24–28. Режим доступа: https://world-science.ru/ru/article/view?id=34181.

28. Kobayashi T, Nagao K. Host-microbial dialogues in atopic dermatitis. Int Immunol. 2019;31(7):449–456. https://doi.org/10.1093/intimm/dxz026.

29. Baviera G, Leoni MC, Capra L, Cipriani F, Longo G, Maiello N et al. Microbiota in healthy skin and in atopic eczema. Biomed Res Int. 2014;2014:436921. https://doi.org/10.1155/2014/436921.