Preview

Медицинский Совет

Расширенный поиск

Микробиом мочи: норма и патология

https://doi.org/10.21518/ms2026-006

Аннотация

История изучения микробиома мочи насчитывает приблизительно 150 лет, и ранее считалось, что мочевая система здорового человека должна быть абсолютно стерильна. Лишь в последние несколько десятилетий мнение научного сообщества по этому вопросу радикально изменилось. Прогресс в области микробиологических исследований позволил применить расширенные культуральные и новейшие молекулярно-генетические методы для обнаружения и идентификации микроорганизмов, населяющих мочевые пути. Наконец, так прочно устоявшаяся догма о стерильности мочи здорового человека была разрушена. В моче были обнаружены не только бактерии, но также вирусы и грибы. Появилось понятие «уробиом». В настоящее время нет единого представления о том, какой состав микробиоты мочи следует считать нормальным, однако уже накоплены данные, позволяющие сделать вывод о том, что его изменения влияют на развитие различных урологических заболеваний не только в отрицательном, но и в положительном ключе, хотя многие патогенетические механизмы этих влияний еще не изучены. При этом состав уробиома может влиять на развитие не только воспалительных заболеваний, таких как инфекция мочевых путей, но и невоспалительных – доброкачественной гиперплазии предстательной железы, интерстициального цистита / синдрома болезненного мочевого пузыря, мочекаменной болезни, гиперактивного мочевого пузыря и недержания мочи, а также рака мочевого пузыря. В данной статье изложены методы и проблемы исследования микробиома мочи, представлена характеристика уробиома у здоровых людей и людей с некоторыми урологическими заболеваниями.

Об авторах

И. Н. Захарова
Российская медицинская академия непрерывного профессионального образования
Россия

Захарова Ирина Николаевна - д.м.н., профессор, заслуженный врач РФ, заведующая кафедрой педиатрии имени академика Г.Н. Сперанского.

125993, Москва, ул. Баррикадная, д. 2/1, стр. 1



И. М. Османов
Детская городская клиническая больница имени З.А. Башляевой; Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова
Россия

Османов Исмаил Магомедович - д.м.н., профессор, заслуженный врач РФ, заслуженный врач Москвы, главный врач, Детская ГКБ им. З.А. Башляевой; директор Университетской педиатрической клиники, РНИМУ им. Н.И. Пирогова.

125373, Москва, ул. Героев Панфиловцев, д. 28; 117997, Москва, ул. Островитянова, д. 1



Г. Б. Бекмурзаева
Российская медицинская академия непрерывного профессионального образования; Детская городская клиническая больница имени З.А. Башляевой
Россия

Бекмурзаева Гульфизат Баудиновна - к.м.н., врач-нефролог, заведующая нефрологическим отделением, Детская ГКБ им. З.А. Башляевой; ассистент, РМАНПО.

125373, Москва, ул. Героев Панфиловцев, д. 28; 125993, Москва, ул. Баррикадная, д. 2/1, стр. 1



П. Д. Анисимова
Российская медицинская академия непрерывного профессионального образования
Россия

Анисимова Полина Дмитриевна - аспирант кафедры педиатрии имени академика Г.Н. Сперанского.

125993, Москва, ул. Баррикадная, д. 2/1, стр. 1



В. Д. Чурилова
Российская медицинская академия непрерывного профессионального образования
Россия

Чурилова Виктория Дмитриевна - аспирант кафедры педиатрии имени академика Г.Н. Сперанского.

125993, Москва, ул. Баррикадная, д. 2/1, стр. 1



Список литературы

1. Prescott SL. History of medicine: Origin of the term microbiome and why it matters. Hum Microbiome J. 2017;4(3):24–25. https://doi.org/10.1016/j.humic.2017.05.004.

2. Sender R, Fuchs S, Milo R. Are We Really Vastly Outnumbered? Revisiting the Ratio of Bacterial to Host Cells in Humans. Cell. 2016;164(3):337–340. https://doi.org/10.1016/j.cell.2016.01.013.

3. Newsom SW. Pioneers in infection control–Joseph Lister. J Hosp Infect 2003;55(4):246–253. https://doi.org/10.1016/j.jhin.2003.08.001.

4. Roberts W. On the Occurrence of Micro-Organisms in Fresh Urine. Br Med J. 1881;2(1085):623–625. https://doi.org/10.1136/bmj.2.1085.623.

5. Reasoner SA, Francis J, Hadjifrangiskou M. The urinary microbiome: the next frontier of bacterial ecology. J Bacteriol. 2025;207(8):e0010525. https://doi.org/10.1128/jb.00105-25.

6. Kass EH. Asymptomatic infections of the urinary tract. Trans Assoc Am Physicians. 1956;69:56–64. Available at: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/13380946/.

7. Maskell RM. The natural history of urinary tract infection in women. Med Hypotheses. 2010;74(5):802–806. https://doi.org/10.1016/j.mehy.2009.12.011.

8. Perez-Carrasco V, Soriano-Lerma A, Soriano M, Gutiérrez-Fernández J, Garcia-Salcedo JA. Urinary Microbiome: Yin and Yang of the Urinary Tract. Front Cell Infect Microbiol. 2021;11:617002. https://doi.org/10.3389/fcimb.2021.617002.

9. Price TK, Dune T, Hilt EE, Thomas-White KJ, Kliethermes S, Brincat C et al. The Clinical Urine Culture: Enhanced Techniques Improve Detection of Clinically Relevant Microorganisms. J Clin Microbiol. 2016;54(5):1216–1222. https://doi.org/10.1128/JCM.00044-16.

10. Слесаревская МН, Кузьмин ИВ, Жумадиллаев КГ, Введенский ГА, Михеев ЮА, Максимова АВ. Микробиом и микробиота мочи: современные представления и гендерные особенности. Урологические ведомости. 2022;12(2):157–165. https://doi.org/10.17816/uroved109278.

11. Pearce MM, Hilt EE, Rosenfeld AB, Zilliox MJ, Thomas-White K, Fok C et al. The female urinary microbiome: a comparison of women with and without urgency urinary incontinence. mBio. 2014;5(4):e01283-14. https://doi.org/10.1128/mBio.01283-14.

12. Carrigg C, Rice O, Kavanagh S, Collins G, O’Flaherty V. DNA extraction method affects microbial community profiles from soils and sediment. Appl Microbiol Biotechnol. 2007;77(4):955–964. https://doi.org/10.1007/s00253-007-1219-y.

13. Felczykowska A, Krajewska A, Zielińska S, Łoś JM. Sampling, metadata and DNA extraction – important steps in metagenomic studies. Acta Biochim Pol. 2015;62(1):151–160. https://doi.org/10.18388/abp.2014_916.

14. Bukin YS, Galachyants YP, Morozov IV, Bukin SV, Zakharenko AS, Zemskaya TI. The effect of 16S rRNA region choice on bacterial community metabarcoding results. Sci Data. 2019;6:190007. https://doi.org/10.1038/sdata.2019.7.

15. Kim JK, Song SH, Jung G, Song B, Hong SK. Possibilities and limitations of using low biomass samples for urologic disease and microbiome research. Prostate Int. 2022;10(4):169–180. https://doi.org/10.1016/j.prnil.2022.10.001.

16. LaRocco MT, Franek J, Leibach EK, Weissfeld AS, Kraft CS, Sautter RL et al. Effectiveness of Preanalytic Practices on Contamination and Diagnostic Accuracy of Urine Cultures: a Laboratory Medicine Best Practices Systematic Review and Meta-analysis. Clin Microbiol Rev. 2016;29(1):105–147. https://doi.org/10.1128/CMR.00030-15.

17. Pohl HG, Groah SL, Pérez-Losada M, Ljungberg I, Sprague BM, Chandal N et al. The Urine Microbiome of Healthy Men and Women Differs by Urine Collection Method. Int Neurourol J. 2020;24(1):41–51. https://doi.org/10.5213/inj.1938244.122.

18. Du J, Khemmani M, Halverson T, Ene A, Limeira R, Tinawi L et al. Cataloging the phylogenetic diversity of human bladder bacterial isolates. Genome Biol. 2024;25(1):75. https://doi.org/10.1186/s13059-024-03216-8.

19. Kinneman L, Zhu W, Wong WSW, Clemency N, Provenzano M, Vilboux T et al. Assessment of the Urinary Microbiome in Children Younger Than 48 Months. Pediatr Infect Dis J. 2020;39(7):565–570. https://doi.org/10.1097/INF.0000000000002622.

20. Storm DW, Copp HL, Halverson TM, Du J, Juhr D, Wolfe AJ. A Child’s urine is not sterile: A pilot study evaluating the Pediatric Urinary Microbiome. J Pediatr Urol. 2022;18(3):383–392. https://doi.org/10.1016/j.jpurol.2022.02.025.

21. Qin J, Shi X, Xu J, Yuan S, Zheng B, Zhang E et al. Characterization of the Genitourinary Microbiome of 1,165 Middle-Aged and Elderly Healthy Individuals. Front Microbiol. 2021;12:673969. https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.673969.

22. Roth RS, Liden M, Huttner A. The urobiome in men and women: a clinical review. Clin Microbiol Infect. 2023;29(10):1242–1248. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2022.08.010.

23. Pearce MM, Zilliox MJ, Rosenfeld AB, Thomas-White KJ, Richter HE, Nager CW et al. The female urinary microbiome in urgency urinary incontinence. Am J Obstet Gynecol. 2015;213(3):347.e1–347.e11. https://doi.org/10.1016/j.ajog.2015.07.009.

24. Siddiqui NY, Ma L, Brubaker L, Mao J, Hoffman C, Dahl EM et al. Updating Urinary Microbiome Analyses to Enhance Biologic Interpretation. Front Cell Infect Microbiol. 2022;12:789439. https://doi.org/10.3389/fcimb.2022.789439.

25. Ammitzbøll N, Bau BPJ, Bundgaard-Nielsen C, Villadsen AB, Jensen AM, Leutscher PDC et al. Pre- and postmenopausal women have different core urinary microbiota. Sci Rep. 2021;11(1):2212. https://doi.org/10.1038/s41598-021-81790-8.

26. Nickel JC, Stephens A, Ackerman AL, Anger JT, Lai HH, Ehrlich GD. The healthy urinary microbiome in asymptomatic participants in the MAPP Network Study: Relation to gender, age, and menopausal status. Can Urol Assoc J. 2022;16(9):E448–E454. https://doi.org/10.5489/cuaj.7775.

27. Bowie KR, Garzotto M, Orwoll E, Karstens L. Body mass index and benign prostatic hyperplasia correlate with urinary microbiome diversity and lower urinary tract symptoms in men. Commun Med. 2025;5(1):159. https://doi.org/10.1038/s43856-025-00866-y.

28. Price TK, Lin H, Gao X, Thomas-White KJ, Hilt EE, Mueller ER et al. Bladder bacterial diversity differs in continent and incontinent women: a cross-sectional study. Am J Obstet Gynecol. 2020;223(5):729.e1–729.e10. https://doi.org/10.1016/j.ajog.2020.04.033.

29. Zou L, Zhang Z, Chen J, Guo R, Tong X, Ju Y et al. Unraveling the impact of host genetics and factors on the urinary microbiome in a young population. mBio. 2024;15(12):e0277324. https://doi.org/10.1128/mbio.02773-24.

30. Wojciuk B, Salabura A, Grygorcewicz B, Kędzierska K, Ciechanowski K, Dołęgowska B. Urobiome: In Sickness and in Health. Microorganisms. 2019;7(11):548. https://doi.org/10.3390/microorganisms7110548.

31. Zárate S, Taboada B, Yocupicio-Monroy M, Arias CF. Human Virome. Arch Med Res. 2017;48(8):701–716. https://doi.org/10.1016/j.arcmed.2018.01.005.

32. Santiago-Rodriguez TM, Ly M, Bonilla N, Pride DT. The human urine virome in association with urinary tract infections. Front Microbiol. 2015;6:14. https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.00014.

33. Atkinson AL, Atwood WJ. Fifty Years of JC Polyomavirus: A Brief Overview and Remaining Questions. Viruses. 2020;12(9):969. https://doi.org/10.3390/v12090969.

34. Garretto A, Miller-Ensminger T, Wolfe AJ, Putonti C. Bacteriophages of the lower urinary tract. Nat Rev Urol. 2019;16(7):422–432. https://doi.org/10.1038/s41585-019-0192-4.

35. Hassall A. On the Development of Torulæ in the Urine, and on the relation of these Fungi to Albuminous and Saccharine Urine. Med Chir Trans. 1853;36:23–78.9. Available at: https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2104146/.

36. Ghannoum MA, Jurevic RJ, Mukherjee PK, Cui F, Sikaroodi M, Naqvi A, Gillevet PM. Characterization of the oral fungal microbiome (mycobiome) in healthy individuals. PLoS Pathog. 2010;6(1):e1000713. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1000713.

37. Ackerman AL, Underhill DM. The mycobiome of the human urinary tract: potential roles for fungi in urology. Ann Transl Med. 2017;5(2):31. https://doi.org/10.21037/atm.2016.12.69.

38. Flores-Mireles AL, Walker JN, Caparon M, Hultgren SJ. Urinary tract infections: epidemiology, mechanisms of infection and treatment options. Nat Rev Microbiol. 2015;13(5):269–284. https://doi.org/10.1038/nrmicro3432.

39. Robino L, Navarro N, Canales-Huerta N, González MJ, Cruz E, Sauto R et al. Urogenital microbiome, intracellular bacterial communities, and their contribution to urinary tract infections. Microbiol Spectr. 2025;13(11):e0124725. https://doi.org/10.1128/spectrum.01247-25.

40. Whiteside SA, Razvi H, Dave S, Reid G, Burton JP. The microbiome of the urinary tract – a role beyond infection. Nat Rev Urol. 2015;12(2):81–90. https://doi.org/10.1038/nrurol.2014.361.

41. Karlsson M, Scherbak N, Reid G, Jass J. Lactobacillus rhamnosus GR-1 enhances NF-kappaB activation in Escherichia coli-stimulated urinary bladder cells through TLR4. BMC Microbiol. 2012;12:15. https://doi.org/10.1186/1471-2180-12-15.

42. Devlin CM, Simms MS, Maitland NJ. Benign prostatic hyperplasia – what do we know? BJU Int. 2021;127(4):389–399. https://doi.org/10.1111/bju.15229.

43. Bajic P, Van Kuiken ME, Burge BK, Kirshenbaum EJ, Joyce CJ, Wolfe AJ et al. Male Bladder Microbiome Relates to Lower Urinary Tract Symptoms. Eur Urol Focus. 2020;6(2):376–382. https://doi.org/10.1016/j.euf.2018.08.001.

44. Lee HY, Wang JW, Juan YS, Li CC, Liu CJ, Cho SY et al. The impact of urine microbiota in patients with lower urinary tract symptoms. Ann Clin Microbiol Antimicrob. 2021;20(1):23. https://doi.org/10.1186/s12941-021-00428-9.

45. Ueda T, Hanno PM, Saito R, Meijlink JM, Yoshimura N. Current Understanding and Future Perspectives of Interstitial Cystitis/Bladder Pain Syndrome. Int Neurourol J. 2021;25(2):99–110. https://doi.org/10.5213/inj.2142084.042.

46. Siddiqui H, Lagesen K, Nederbragt AJ, Jeansson SL, Jakobsen KS. Alterations of microbiota in urine from women with interstitial cystitis. BMC Microbiol. 2012;12:205. https://doi.org/10.1186/1471-2180-12-205.

47. Abernethy MG, Rosenfeld A, White JR, Mueller MG, Lewicky-Gaupp C, Kenton K. Urinary Microbiome and Cytokine Levels in Women With Interstitial Cystitis. Obstet Gynecol. 2017;129(3):500–506. https://doi.org/10.1097/AOG.0000000000001892.

48. Zheng Z, Hu J, Li W, Ma K, Zhang C, Li K, Yao Y. Integrated microbiome and metabolome analysis reveals novel urinary microenvironmental signatures in interstitial cystitis/bladder pain syndrome patients. J Transl Med. 2023;21(1):266. https://doi.org/10.1186/s12967-023-04115-5.

49. Nickel JC, Stephens-Shields AJ, Landis JR, Mullins C, van Bokhoven A, Lucia MS et al. A Culture-Independent Analysis of the Microbiota of Female Interstitial Cystitis/Bladder Pain Syndrome Participants in the MAPP Research Network. J Clin Med. 2019;8(3):415. https://doi.org/10.3390/jcm8030415.

50. Nickel JC, Stephens A, Landis JR, Chen J, Mullins C, van Bokhoven A et al. Search for Microorganisms in Men with Urologic Chronic Pelvic Pain Syndrome: A Culture-Independent Analysis in the MAPP Research Network. J Urol. 2015;194(1):127–135. https://doi.org/10.1016/j.juro.2015.01.037.

51. Nickel JC, Stephens A, Landis JR, Mullins C, van Bokhoven A, Lucia MS, Ehrlich GD. Assessment of the Lower Urinary Tract Microbiota during Symptom Flare in Women with Urologic Chronic Pelvic Pain Syndrome: A MAPP Network Study. J Urol. 2016;195(2):356–362. https://doi.org/10.1016/j.juro.2015.09.075.

52. Abbasian B, Shair A, O’Gorman DB, Pena-Diaz AM, Brennan L, Engelbrecht K et al. Potential Role of Extracellular ATP Released by Bacteria in Bladder Infection and Contractility. mSphere. 2019;4(5):e00439-19. https://doi.org/10.1128/mSphere.00439-19.

53. Komesu YM, Richter HE, Carper B, Dinwiddie DL, Lukacz ES, Siddiqui NY et al. The urinary microbiome in women with mixed urinary incontinence compared to similarly aged controls. Int Urogynecol J. 2018;29(12):1785–1795. https://doi.org/10.1007/s00192-018-3683-6.

54. Carnes MU, Siddiqui NY, Karstens L, Gantz MG, Dinwiddie DL, Sung VW et al. Urinary microbiome community types associated with urinary incontinence severity in women. Am J Obstet Gynecol. 2024;230(3):344.e1–344.e20. https://doi.org/10.1016/j.ajog.2023.10.036.

55. Pearle MS, Goldfarb DS, Assimos DG, Curhan G, Denu-Ciocca CJ, Matlaga BR et al. Medical management of kidney stones: AUA guideline. J Urol. 2014;192(2):316–324. https://doi.org/10.1016/j.juro.2014.05.006.

56. Zampini A, Nguyen AH, Rose E, Monga M, Miller AW. Defining Dysbiosis in Patients with Urolithiasis. Sci Rep. 2019;9(1):5425. https://doi.org/10.1038/s41598-019-41977-6.

57. Kachroo N, Monga M, Miller AW. Comparative functional analysis of the urinary tract microbiome for individuals with or without calcium oxalate calculi. Urolithiasis. 2022;50(3):303–317. https://doi.org/10.1007/s00240-022-01314-5.

58. Noonin C, Putpim A, Thongboonkerd V. The direct inhibitory effects of Lactobacillus acidophilus, a commensal urinary bacterium, on calcium oxalate stone development. Microbiome. 2024;12(1):175. https://doi.org/10.1186/s40168-024-01877-y.

59. Liu F, Zhang N, Wu Y, Jiang P, Jiang T, Wang Y et al. The pelvis urinary microbiome in patients with kidney stones and clinical associations. BMC Microbiol. 2020;20(1):336. https://doi.org/10.1186/s12866-020-01992-4.

60. Barr-Beare E, Saxena V, Hilt EE, Thomas-White K, Schober M, Li B et al. The Interaction between Enterobacteriaceae and Calcium Oxalate Deposits. PLoS ONE. 2015;10(10):e0139575. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0139575.

61. Bichler KH, Eipper E, Naber K, Braun V, Zimmermann R, Lahme S. Urinary infection stones. Int J Antimicrob Agents. 2002;19(6):488–498. https://doi.org/10.1016/s0924-8579(02)00088-2.

62. Shen C, Zhu Q, Dong F, Wang W, Fan B, Li K et al. Identifying Two Novel Clusters in Calcium Oxalate Stones With Urinary Tract Infection Using 16S rDNA Sequencing. Front Cell Infect Microbiol. 2021;11:723781. https://doi.org/10.3389/fcimb.2021.723781.

63. Jubber I, Ong S, Bukavina L, Black PC, Compérat E, Kamat AM et al. Epidemiology of Bladder Cancer in 2023: A Systematic Review of Risk Factors. Eur Urol. 2023;84(2):176–190. https://doi.org/10.1016/j.eururo.2023.03.029.

64. Markowski MC, Boorjian SA, Burton JP, Hahn NM, Ingersoll MA, Maleki Vareki S et al. The Microbiome and Genitourinary Cancer: A Collaborative Review. Eur Urol. 2019;75(4):637–646. https://doi.org/10.1016/j.eururo.2018.12.043.

65. Zeng J, Zhang G, Chen C, Li K, Wen Y, Zhao J, Wu P. Alterations in Urobiome in Patients With Bladder Cancer and Implications for Clinical Outcome: A Single-Institution Study. Front Cell Infect Microbiol. 2020;10:555508. https://doi.org/10.3389/fcimb.2020.555508.

66. Heidar NA, Bhat TA, Shabir U, Hussein AA. The Urinary Microbiome and Bladder Cancer. Life. 2023;13(3):812. https://doi.org/10.3390/life13030812.

67. Seow SW, Rahmat JN, Mohamed AA, Mahendran R, Lee YK, Bay BH. Lactobacillus species is more cytotoxic to human bladder cancer cells than Mycobacterium Bovis (bacillus Calmette-Guerin). J Urol. 2002;168(5):2236–2239. https://doi.org/10.1016/S0022-5347(05)64362-5.


Рецензия

Для цитирования:


Захарова ИН, Османов ИМ, Бекмурзаева ГБ, Анисимова ПД, Чурилова ВД. Микробиом мочи: норма и патология. Медицинский Совет. 2026;(1):150-158. https://doi.org/10.21518/ms2026-006

For citation:


Zakharova IN, Osmanov IM, Bekmurzaeva GB, Anisimova PD, Churilova VD. Urinary microbiome: Norm and pathology. Meditsinskiy sovet = Medical Council. 2026;(1):150-158. (In Russ.) https://doi.org/10.21518/ms2026-006

Просмотров: 200

JATS XML


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2079-701X (Print)
ISSN 2658-5790 (Online)